Nền kinh tế chính của huyện là sản xuất nông nghiệp với cây chủ lực là cây lúa nước. Từ thị trấn ngược lên Đại Điền, Phú Khánh là những cánh đồng lúa. Từ thị trấn đi về phía biển, diện tích đồng lúa bị thu hẹp dần lại, nhường chỗ cho các đầm nuôi tôm, đưa lại thu nhập cao gấp nhiều lần trồng lúa. Người dân ở vùng này, còn có nghề rừng, đánh bắt và chế biến hải sản.

Trên những giồng đất, nhân dân thường trồng hoa màu, thuốc lá, dưa hấu. Trong những năm 40, nghề trồng bông vải từ phía Ba Tri lan sang đây, phát triển khá mạnh trên các giồng, tận ven biển.Mạng lưới sông ngòi chằng chịt và biển khơi là nguồn thủy hải sản dồi dào, hàng năm cung cấp cho Thạnh Phú hàng ngàn tấn tôm, cua, cá các loại. Con nghêu, một đặc sản của vùng biển Thạnh Phong, Thạnh Hải cũng là nguồn lợi quan trọng, nuôi sống hàng ngàn dân ven biển. Nằm trên một địa bàn thuận lợi như vậy, đã từ lâu, người dân Thạnh Phú đã dùng thuyền to để vận chuyển, đi lại mua bán với các tỉnh miền Tây, lên phía Đồng Tháp Mười và ra tận miền Trung.

Trong khoảng 10 năm cuối của thế kỷ (1990 – 2000) qua một quá trình thể nghiệm, điều chỉnh nhiều lần, đến nay huyện Thạnh Phú đã hình thành rõ nét 3 tiểu vùng:

• Tiểu vùng 1: gồm 9 xã phía bắc của huyện giáp với huyện Mỏ Cày (Phú Khánh, Đại Điền, Quới Điền, Thới Thạnh, Hòa Lợi, Mỹ Hưng, Bình Thạnh, Tân Phong và một phần thị trấn Thạnh Phú) là vùng lúa 2 vụ/năm, có diện tích hơn 6.000 ha.
• Tiểu vùng 2: tức vùng giữa của huyện gồm các xã An Thạnh, An Qui, An Thuận, An Điền và một phần của thị trấn Thạnh Phú, xấp xỉ 7.000 ha, được quy hoạch luân canh một vụ tôm vào mùa nắng và một vụ lúa vào mùa mưa, đã đem lại hiệu quả rõ rệt.
• Tiểu vùng 3: vùng ven biển, gồm các xã An Nhơn, Giao Thạnh, Thạnh Phong, Thạnh Hải là vùng chuyên nuôi tôm. Diện tích đầm, ao nuôi tôm đến năm 1999 chiếm khoảng 5.000 ha. Khả năng có thể mở rộng diện tích nuôi tôm lên gấp đôi trong những năm đến.

Là một huyện nằm ở cuối dòng sông Cửu Long, đất đai phần lớn bị nhiễm mặn, lại bị chiến tranh tàn phá nặng nề, việc phát triển sản xuất, nâng cao đời sống của dân gặp không ít khó khăn. Hằng ngày, tỉnh thường phải tổ chức cứu trợ cho một số hộ nghèo, nhưng từ năm 1995 thì bắt đầu chấm dứt hẳn. Tuy nhiên, việc làm ăn khấm khá diễn ra không đều. Vùng nuôi thủy sản phát triển nhanh nhất nhờ con tôm. Nhiều gia đình nghèo khổ nay đã trở thành triệu phú, thậm chí có bạc tỷ. Một nét đẹp đáng biểu dương là có những người nghèo nay làm ăn phát đạt, vì thấm thía nỗi khổ mà mình đã trải, nên đã bỏ ra hàng đôi ba trăm triệu đồng cho bà con mượn làm vốn sản xuất, không lấy lãi và có khi không cần kỳ hạn, nếu những người đó làm ăn gặp phải khó khăn, chưa vượt qua được. Ở xã Giao Thạnh, có gia đình điển hình cho mượn vốn tương trợ, giúp đỡ nhau vượt nghèo, vượt khó không lấy lãi.

Dự án ngọt hóa vùng Quới Điền với hệ thống kênh, đê, cống có tổng chiều dài 25 km là công trình thủy lợi lớn nhất ở vùng bắc Thạnh Phú trong những năm qua, đã mang lại hiệu quả kinh tế rõ rệt.